암호가 섞인 예고장이 보내진 그곳에는 월하의 마술사, 괴도 키드가 나타난다. 세상을 떠들썩하게 만들며 인기를 얻고 있는 그의 정체는 에코다 고등학교 2학년 쿠로바 카이토. 수수께끼의 조직에 살해당한 세계적인 마술사였던 아버지 쿠로바 도이치의 뒤를 이어 사건의 진상을 파헤치기 위해 2대 ‘괴도 키드’가 되어 도이치가 쫓던 ‘빅 주얼’과 조직의 정체를 향해 다가간다. 이번에 그가 노리는 ‘빅 주얼’은 ‘대해의 기적’이자 ‘블루 원더’라고 불리는 전설의 아쿠아마린. 소노코의 친척이자 키드 체포에 열을 올리고 있는 스즈키 지로키치가 그에게 먼저 도전장을 내밀고, 언제나 그랬듯 괴도 키드는 모두의 예상을 뒤엎고 신출귀몰한 방법으로 나타나는데… 이를 막기 위해 불가능을 모르는 명탐정, 코난의 명추리가 펼쳐진다!

메구레 경부, 란의 엄마인 키사키 에리 변호사, 아가사 박사가 동일인으로 추정되는 범인에게 습격을 당한다. 피해자들이 모두 모리 코고로 탐정과 관련이 있다는 것과 범인이 현장에 남긴 트럼프 카드가 유일한 단서. 모리 코고로 탐정이 과거 형사 시절에 체포했던 전직 카드 딜러 출신의 살인범 무라카미 죠가 용의선상에 오른다. 코난은 범인이 남긴 트럼프 카드에서 습격당한 3명의 이름 속 공통점을 찾아내고, 끝나지 않은 연쇄 살인 게임을 막기 위해 범인의 다음 표적들의 행선지인 수중 레스토랑 ‘아쿠아 크리스탈’로 항한다. 코난 일행과 모리 코고로 탐정, 그리고 범인의 타깃들이 모두 완벽한 수중 밀실 시설 ‘아쿠아 크리스탈’에 모이게 되는데…

러시아 로마노프 왕조의 유산인 파베르제의 달걀 중 세기말 최후의 보물 ‘메모리즈 에그’가 발견되고, 이를 노리는 괴도 키드의 예고장이 도착한다. 그를 막기 위해 괴도 키드 특별 수사팀과 코난 일행, 서쪽의 고등학생 탐정 핫토리까지 합류한다. 신출귀몰한 괴도 키드는 모두를 따돌리며 ‘메모리즈 에그’를 훔치는 데 성공하지만, 정체불명의 누군가에게 저격당해 행방불명된다. 무사히 달걀을 되찾은 코난은 ‘메모리즈 에그’에 담긴 수수께끼를 발견한다. 달걀의 비밀을 풀기 위해 크루즈를 타고 도쿄로 향하는 코난 일행, 그러나 배 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 진실은 미궁에 빠지는데…

‘토토 타워’가 디자인된 1만 엔 신권 지폐가 발행되어 세상이 떠들썩한 가운데, 코난과 어린이 탐정단, 아가사 박사, 란과 소노코는 지폐 인쇄국 나가노 공장을 방문한다. 그 무렵, 경시청에서는 살인 사건 현장에서 발견된 신권 위조지폐로 인해 수사본부가 꾸려지고, 일본에서 발견된 30번째 위조지폐라는 점으로 인해 통칭 ‘30호 사건’으로 명명된다. 신권의 위조지폐 사건이 보도되면서 전국이 혼란해진 가운데 코난은 위조지폐가 인쇄된 것으로 추정되는 오사카의 지폐 인쇄국으로 향하고 거기서 헤이지가 수사에 합류한다. 그 외 시즈오카현과 가나가와현 등 각 지역에 위치한 지폐 인쇄국의 조사를 위해, 나가노현경의 야마토 칸스케, 모로후시 타카아키, 우에하라 유이 그리고 시즈오카현경의 요코미조 산고, 가나가와현경의 요코미조 쥬고 및 군마현경, 오사카부 경찰, 교토부 경찰까지 전국 경찰청에 이어 공안 후루야 레이, FBI 아카이 슈이치가 총출동해 국가적 위기에 맞선다!