도쿄를 중심으로 6건의 살인사건이 발생했다. 피해자들 옆에는 알파벳이 새겨진 6개의 마작패만이 남겨져 있다. 그리고 마지막 희생자가 남긴 한마디 “칠석, 교!” 사건의 진실을 밝히고 범인을 잡기 위한 특별 수사회의가 열리고 유명한 탐정과 코난은 수사회의에 참석하여 사건의 전모를 듣게 된다. 그러나 성별도, 직업도, 사는 곳도 다른 이들 6명의 피해자에게는 그 어떤 공통점도 없다! 사건은 해결의 실마리를 찾지 못하고 점점 미궁 속으로 빠져든다.

홋카이도 하코다테에 있는 ‘오노에’ 재벌 가의 창고에 ‘괴도 키드’의 예고장이 도착한다. ‘빅 주얼’만을 노리는 키드가 이번에 노리는 것은 과거 신선조 귀신 부장 ‘히지카타 토시조’와 얽힌 전설적인 검. 검술 대회에 참가하기 위해 하코다테에 방문한 ‘핫토리 헤이지’와 그를 응원하기 위해 온 ‘코난’ 일행도 괴도 키드를 막기 위해 사건에 뛰어들게 된다. 한편, 가슴에 열 십 자(十) 모양의 자상을 입은 시신이 발견되고 ‘죽음의 상인’이라고 불리는 무기상이 용의자로 지목된다. 그 역시 괴도 키드가 찾는 검을 노리고 있었고, 그 검이 오노에 가문이 세대에 걸쳐 지킨 보물을 찾을 열쇠임이 밝혀진다. 검을 쫓는 키드에게 수수께끼의 검사가 습격해 오고, 절체절명의 위기가 닥쳐오는데…!

초등학생 코난이 아닌, 본래의 모습으로 교토 수학여행에 참가하게 된 고등학생 탐정 쿠도 신이치. 평범한 고등학생처럼 모리 란과 행복한 시간을 보내는 것도 잠시, 우연히 만난 배우 구라치 케이코의 부탁으로 의문의 암호 해독을 부탁받는다. 하지만 곧이어 그녀의 영화 제작 동료들을 둘러싼 연쇄 살인 사건이 일어난다. 범죄의 현장에는 요괴의 행적처럼 꾸며진 피 묻은 발자국과 팔손이 나뭇잎, 그리고 새로운 암호가 남겨져 있었는데… 천년 역사의 도시 교토, 요괴의 소행 같은 기묘한 연쇄 살인 사건의 진실은?! 그리고 쿠도 신이치♥모리 란, 두 사람의 마음은 맞닿을 수 있을까?

수수께끼의 의뢰인으로부터 초대받아 초대형 테마파크 미라클 랜드를 방문한 코난 일행. 의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 코난과 유명한 탐정뿐만 아니라 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 찬 미라클 랜드 프리패스 ID에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다. 부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어있다는 사실을 알게 된다. 시시각각으로 제한시간인 밤 10시는 다가오고, 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격이 계속되는데…

전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.

지난 4년 동안 오만불손한 행동으로 도의 행정을 망쳤으니 천벌을 받아 마땅하다! 도지사 앞으로 익명의 협박 편지가 도착하고 그 후 대도심 한 복판에서의 폭탄 테러가 발생한다! 코난의 기지로 폭파 15초를 남겨두고 대참사를 막게 된다. 이 사건으로 인해 코난은 더 큰 참사가 발생할 것이라는 것을 예견하고 도지사 참석 예정인, 이전 5주년 기념식이 준비 되고 있는 북촌 마을을 찾아간다. 그 곳에서 만난 8년 만에 모인 북촌 마을 동창생 5명, 그들이 서로 얽혀있는 8년 전 뺑소니 교통 사고 등 수상한 과거의 사건들을 되짚어 가는 도중에 수수께끼 같은 설원 속 살인 사건이 발생한다. 범인을 밝혀내기도 전에 북촌댐 폭파 테러라는 또 다른 위기가 찾아오고, 코난은 다시 한 번 대 참사의 위기에 맞서게 되는데…

극악무도한 폭파범 플라먀에 의해 교묘한 함정에 빠진 아무로 토오루! 모든 것이 베일에 가려진 플라먀, 유일한 단서는 아무로 토오루가 그의 경찰 동기들과 마지막으로 함께 했던 하루. 이와 동시에 결혼식의 신부가 된 경시청의 사토 형사는 불길한 예감을 감출 수 없는데…

국립천문대 노베야마의 괴한 침입 사건을 조사하던 나가노현경 형사 야마토 칸스케. 사건을 수사하던 중, 천문대의 파라볼라 안테나가 움직이자 10개월 전 눈사태 속 총격 피습으로 인한 왼쪽 눈의 상처에 갑자기 통증이 이는데… 그날 밤, 모리 코고로에게 형사 시절의 옛 동료 와니 형사의 전화가 걸려 온다. 나가노현 눈사태 사고의 내막을 조사하고 있던 와니는 사건 파일에서 모리 탐정의 이름을 발견, 참고 차 모리 탐정과 만나기로 한다. 약속 당일, 코난과 란도 모리 탐정을 따라 약속 장소로 향하지만 그곳에서 의문의 총성이 울려 퍼진다.

코난 일행과 핫토리 일행은 영화 제작 발표회에 초대를 받아 니치우리 TV 신사옥을 방문한다. 행사가 진행되던 도중, 창고에서 요네쿠라PD가 모형에 깔려 사망한 채로 발견된다. 정황으로 보아 누군가가 일부러 모형을 고정하는 밧줄을 자른 듯하다. 용의자들은 코난과 핫토리 앞에서도 자신만만해하지만 결국 범행이 들통나고 만다. 경찰의 추격을 피해 범인 중 한 사람은 피해자의 차를 타고 도주하다 차량이 폭발하는 사고를 당한다. 란과 카즈하도 사고에 휘말릴 뻔하였으나 때마침 의외의 인물이 나타나 두 사람을 구해준다. 그는 요네쿠라에 대해 조사를 하러 오사카에 왔다며 오사카 경찰한테 협조를 요청한다. 한편 코난과 핫토리는 영화 촬영에 들어가려던 순간, 또 다른 폭파 사건이 일어났다는 소식을 접하는데...